Page 54 - Multidisipliner Covid 19

BÖLÜM 02

örneklerin ve testlerin standardizasyonunda yaşanabilecek sorunlar,
gerekse klinik karşılığının tam olarak bilinmemesi nedeniyle mevcut testler
kantitatif sonuç vermek üzere tasarlanmamaktadır.

RT-PCR testlerinin dizaynındahedef olarak viral yapısal proteinleri (zarf
glikoprotein [S], zarf [E], membran [M], helikaz [Hel] ve nükleokapsid
[N]) kodlayan farklı genom bölgeleri tek ve/veya birlikte kullanılabilir.
Ek olarak, viral replikasyonda görevli (yapısal olmayan proteinleri
kodlayan) özgün genler de (RNA'ya bağlı RNA polimeraz [RdRp], ORF1a
ve ORF1b) hedef olarak kullanılabilir (40, 41) .Testlerde kullanılan sekans
bölgelerinden herhangi birinin belirgin bir avantaj sunduğuna dair net
bir gösterge bulunmamaktadır (41). Amerika Birleşik Devletleri, Centers
for Disease Control and Prevention (CDC) iyi performans gösterdiği için
iki nükleokapsid protein gen hedefinin (N1 ve N2) kullanılmasını
önermektedir (59). DSÖ ise E geninin ve RdRp geninin birlikte
kullanılmasını hedefleyen doğrulayıcı bir test sistemi önermektedir (60).
Bu sayede diğer koronavirüslerle potansiyel çapraz reaksiyonun önlenmesi,
daha özgün tanı sağlanması hedeflenmektedir. Almanya'da tanı amaçlı
iki moleküler hedef (M ve RdRp) seçilirken, Çin’de çeşitli genleri hedefleyen
farklı tanı testleri kullanıma sunulmuştur. Virüs genomunda zamanla
mutasyonların gelişmesi olasılığı göz önüne alınarak, testin en az bir
korunmuş bölge ve bir spesifik bölge içermesi önerilmektedir. Ancak
yaşanan bu aktif pandemi sürecinde elde edilen veriler sonrasında mevcut
önerilerin güncellenebileceği unutulmamalıdır.

RT-PCR testlerinin özgüllüğü genellikle yüksek olsada duyarlılıklıkları
%91-60 arasında değişmektedir (52). Çeşitli araştırmacılar, farklı gen
bölgelerini hedefleyen gerçek zamanlı RT-PCR testlerini değerlendir-
mişlerdir. Chan ve ark. RdRp/Hel, S ve N genlerini hedefleyen üç RT-
PCR testinin performansını karşılaştırdıkları çalışmalarında; COVID-19-
RdRp/Hel testinin in-vitro olarak düşük saptama sınırına ve yüksek
duyarlılık ve özgüllüğe sahip olduğunu, yani daha başarılı olduğunu
bildirdirler (61). Vogelsve ark. DSÖ’nün önerdiği farklı protokolleri/kitleri
karşılaştırdıkları çalışmalarında tümünün SARS-CoV-2’yi saptadığını yani
kullanılabilir olduğunu, ancak düşük miktarda virüs içeren pozitif
örneklerin saptanmasında farklılıklar olduğunu bildirdiler (62). Çok düşük
viral yüke sahip örneklerde yanlış negatif veya yanlış pozitif sonuçlardan

53