Page 35 - Multidisipliner Covid 19
P. 35

SARS-CoV-2 Özellikleri ve Laboratuvar Tan›s›


                   3. Koronavirüslerin Sınıflandırması ve SARS-CoV-2’nin
                   Sınıflandırmadaki Yeri


                   Genotipik ve protein özelliklerine dayanarak yapılan filogenetik analizlere
                   göre Coronaviridae ailesinin üyeleri Orthocoronavirinae alt ailesinde alfa,
                   beta, gama ve delta koronavirüsler olarak dört cinse ayrılmıştır (3). Gama
                   ve delta koronavirüsler kuşları, nadiren de memelileri enfekte edebilir,
                   ancak insanlarda herhangi bir hastalık nedeni olarak bildirilmemişlerdir.
                   Öte yandan alfa ve beta koronavirüsler memelileri enfekte edebilirler;
                   insanlarda solunum yolu hastalıklarına ve hayvanlarda gastrointestinal
                   hastalıklara neden olabilirler.

                   Aralık 2019'dan önce, altı yaygın CoV suşunun insanları enfekte ettiği
                   bilinmekteydi. Bunlardan ikisi (HCoV-229E ve HCoV-NL63) alfa
                   koronavirüslere, diğer ikisi (HCoV-OC43 ve HCoV-HKU1) soy A beta
                   koronavirüslere aittir. Ölümcül olabilen SARS-CoV ve MERS-CoV sırasıyla
                   beta koronavirüs cinsine, B ve C soylarına aittir (Şekil 2) (3, 9).

                   Salgının erken evrelerindeki filogenetik analizler SARS-CoV-2'nin genom
                   yapısının SARS-CoV ile %79.6 ve MERS-CoV ile %50 dizi benzerliği
                   olduğunu göstermektedir. Ayrıca, tüm genom dizisinin Yunnan eyaletindeki
                   at nalı yarasalarında (Rhinolophus affinis) bulunan bir CoV türünün
                   (SARSr-CoVRatG13) genetik dizisiyle yakın ilişkili olduğu bildirildi. (8).
                   En çok yarasa SARS benzeri CoV izolatlarına (%96) ve SARS-CoV’a
                   benzediği görüldü (Şekil 3) (4).

                   SARS-CoV-2 genomu, koronavirüslerle benzer gen bölgeleri içerdiği gibi,
                   tamamen farklı gen bölgeleri de içermektedir (Şekil 3B). Bazı gen
                   bölgelerinin SARS-CoV ile % 80'den daha az nükleotit dizisi özdeşliği
                   paylaştığı gösterilmiştir. Ancak türlerin sınıflandırılması için kullanılan
                   ORF1ab içindeki yedi korunmuş bölgenin amino asit dizileri incelendiğinde
                   SARS-CoV ile %94.4 özdeş olması iki virüsün aynı türe, SARSr-CoV'ya
                   ait olduğunu düşündürmektedir (9, 12, 13, 14).

                   İlk yapılan filogenetik çalışmalar sonucunda, Uluslararası Virüs Taksonomi
                   Komitesi SARS-CoV-2’yi nidovirales takımının, Coronaviridae ailesi, beta
                   koronavirüs cinsinde, soy B’de (lineage) sınıflandırdı (8, 15).




                        34
   30   31   32   33   34   35   36   37   38   39   40